La Basílica Menor y Convento de San Pedro fue construida por los jesuitas con el nombre de San Pablo. La primera y segunda versión fueron construidas en los años 1568 y 1569. Finalmente, en 1638 inauguran la tercera versión, mucho más amplia y es la que actualmente conocemos, edificada por la Compañía de Jesús. Está administrada por la orden religiosa de los Jesuitas. Es también el Santuario Nacional del Sagrado Corazón de Jesús y desde 1878 se lleva a cabo la Procesión del Sagrado Corazón de Jesús el último domingo del mes de junio.

 

El obispo Villareal bendijo su campana mayor bautizándola con el nombre de Agustina. Esta campana es la popular "Abuelita", la más antigua del Perú y se dice que dobló en el entierro de Santa Rosa de Lima, y de San Martín de Porres. Otra campana de mucha notoriedad es la "Grande" que pesa 100 quintales, por este motivo la torre donde está fue terminada después de haberla subido. Es muy sonora y la segunda en tamaño después de la "Cantabria" de la Catedral de Lima.

 

A diferencia de la mayoría de iglesias del circuito del Centro Histórico de Lima, la de San Pedro se ha dañado poco por los terremotos sufridos por la ciudad.

 

Una anécdota poco conocida es que en San Pedro el jesuita Francisco del Castillo pronunció el Sermón de las Tres Horas por primera vez en la historia, en 1655, pues eso duró el comentario de las Siete Palabras de Cristo en la Cruz.

 

La fachada de la iglesia es una obra arquitectónica de estilo neoclásico. Las puertas poseen sus portadas de piedra, de arcos de medio punto; sobre ellos tienen hornacina. En el centro el escudo de la orden; tiene zócalo alto de piedra y muros hechos de ladrillo unidos con calicanto, además pilastras en el primer cuerpo. Sobre ellos el friso con triglifos y metopas, luego una cornisa que soporta el barandal del segundo cuerpo de estilo barroco de gusto clásico una ventana principal con balaustres de madera; tiene tímpano triangular con una hornacina con la imagen de San Pedro.

 

Las torres, también de estilo neoclásico, presentan balcones con remate de barandal, una cornisa octagonal, chapitel con barandal que termina en una cúpula con una linterna de madera. El atrio actualmente se encuentra protegidos por columnas de cemento.

 

En el interior de la Iglesia de San Pedro se luce el juego de arquerías, diez capillas de retablos calados con efigies, cuadros al óleo y azulejos. Su construcción de tres naves es sólida y la cúpula está considerada como una de las más hermosas que se han construido en el Perú. La abundancia de luz natural hace destacar los arcos de medio punto de las naves laterales con zócalos adornados con azulejos, con profusa decoración barroca de estofado al fuego y pinturas con antiguos marcos tallados.

 

Esta iglesia guarda una extraordinaria colección de reliquias, de la que destacan:

• Dos Lignum Crucis (restos de la Cruz del calvario).

• Una espina de la Corona de Jesucristo cedida por el padre Francisco de Toledo.

• Un hueso de la canilla del Apóstol San Pablo y un anillo de la cadena con la que fue atado en prisión, habían pertenecido a la Capilla Privada del Papa.

• Un hueso de la cabeza del Apóstol San Mateo y otro de San Jerónimo, enviados por el padre Hernando Solier S.J. que pertenecieron a la capilla Privada del Papa.

• Reliquias de los Apóstoles San Simón y San Matías. Además de San Juan Crisóstomo, San Ambrosio, San Ignacio de Antioquía, San Lorenzo y el Papa Calixto I, todos mártires.

• Así como cuerpos y restos de santos y mártires, como San Ignacio de Loyola, Santo Toribio de Mogrovejo y Santa Rosa de Lima.