En la primera mitad del siglo XVIII ya se encuentra documentada la existencia de la Capilla del Santo Cristo de las Maravillas. El pardo libre, Andrés de Jesús, se hizo colector de limosnas de esta santa imagen, que se veneraba en su capilla ubicada en las cercanías del barrio del Cercado.

 

Su proximidad con el Cementerio General de Lima, hoy conocido como el Museo-Cementerio Presbítero Matías Maestro, llevó a que esta iglesia sirviera durante muchos años, como el punto de partida de cortejos fúnebres en dirección hasta el camposanto.

 

El templo, que ha llegado en su mayoría hasta nuestra época actual, es una construcción del siglo XIX, cuya obra es atribuida a Matías Maestro y que presenta en el diseño un claro estilo neoclásico, típico de la producción de su artífice.

 

La fachada del edificio comprende unas columnas jónicas y un frontón liso; de esta portada, es importante mencionar que fue construida donde antiguamente se erigía la Portada de las Maravillas, que fuera una de las siete puertas que conformaran las murallas de la ciudad.

 

Sobre la planta de la iglesia que se conserva hoy en día, es de forma rectangular y que se presenta como una innovación en contraste con la mayoría de los templos católicos que, antes de este, presentaban la tradicional base de cruz latina. El templo presenta una sola nave sobre la cual se observa una bóveda de cañón.

 

En el interior la iglesia se encuentra decorada por una serie de retablos, también de tendencia neoclásica, acorde al exterior del establecimiento. Entre ellos resaltan el Retablo Mayor, del siglo XIX, donde se alberga la imagen del Santo Cristo de las Maravillas originaria del siglo XVIII;  los retablos laterales de la Virgen del Rosario, La Dolorosa, también de tendencia neoclásica y del mismo periodo que el último templo.

 

Como parte del decorado y el patrimonio de la iglesia también encontramos la imagen del Cristo Yacente, que fuera elaborada en el siglo XX; así como los  lienzos del Sagrado Corazón de Jesús, del Cristo Crucificado y el de San Francisco de Asís, del siglo XIX; así como los de Santa Rosa de Lima, El Cristo pobre y La Virgen del Carmen, todos ellos elaborados en el siglo XX.